См. также категорию: Реки Курганской области
| Название реки | Длина (км) | Площадь бассейна (км²) |
| Тобол | 426 000 | |
| Исеть | 58 900 | |
| Миасс | 21 800 | |
| Юргамыш | ||
| Куртамыш |
Крупнейшие озёра
См. также категорию: Озёра Курганской области
| Название озера | Местоположение | Площадь водоёма (км²) |
| озеро Идгильды | Сафакулевский район | 22,6 |
| озёра Маньясс | Варгашинский район | 31,8 |
| озёра Малый Маньясс | Варгашинский район | 20,8 |
| озеро Медвежье | Петуховский район | 61,3 |
| озеро Окунёвское | Юргамышский район | 18,2 |
| озеро Половинное | Половинский район | 18,1 |
| озеро Салтосарайское | Каргапольский район | 23,4 |
| озеро Чёрное | Мокроусовский район, Армизонский районТюменской области |