Экологическая обстановка на территории региона достаточно сложная. Большинство экологических проблем возникает в процессе использования природных ресурсов. В связи с тем, что расселение на Дальнем Востоке носит очаговый характер, в силу чего возрастает нагрузка на окружающую среду, создается ситуация, которая приводит к локальным нарушениям экологии среды. Эта ситуация осложняется несоответствием методов освоения природных ресурсов и состояния природно-ресурсного потенциала.
Обширные площади мерзлоты в регионе придают хрупкость, уязвимость экосистеме Дальнего Востока. Хозяйственная деятельность, увеличение количества транспорта приводят к уничтожению северных пастбищ, уменьшают их продуктивность. В приморских районах экологическая обстановка ухудшается в связи сбросом загрязняющих вод, хищнической добычей рыбы и морепродуктов. Наиболее неблагоприятная обстановка складывается вокруг крупных городов, хотя среднее по региону загрязнение здесь не столь велико.
Одна из главных экологических проблем в регионе - нарушение лесного покрова. Из-за рубок и пожаров она составляет примерно 30 %, в том числе: по ЕАО - 57 %, Амурской области - 42 %; Сахалинской - 39 ; Хабаровскому краю - 36 %; Приморскому - 34 %; Чукотке - 30 %; Магаданской области - 25 %; Камчатке - 9 %.
При этом в 80-е годы XX века ежегодная площадь рубки примерно равнялась ежегодной площади пожаров. На рубеже XX - XXI в результате сокращения площади рубки из-за экономической нестабильности влияние пожаров на лесной покров стало примерно в 6 раз сильнее рубок.
Экологическую ситуацию осложняет производственная деятельность, связанная с открытой добычей полезных ископаемых. Она резко изменяет ландшафты, особенно существенно в районах добычи золота вдоль русел рек.
В 90-е гг. XX века в регионе были разработаны и стали приниматься меры по оздоровлению экологической обстановки. Так, значительно увеличилась площадь заповедных территорий, заказников, памятников природы. Охраняемые территории в настоящее время составляют 12 % площади Дальнего Востока. Принимаются меры по сокращению выброса вредных веществ в атмосферу, усилен контроль за состоянием водного пространства, ведется работа по профилактике летних пожаров.
Реализация долговременной программы охраны природы и радикального использования природных ресурсов, разработанной Дальневосточным отделением Академии Наук России, способствует стабилизации экологической обстановки в регионе.