Все внутренние и окраинные моря Российской Федерации испытывают интенсивную антропогенную нагрузку, как самой акватории, так и в результате хозяйственной деятельности на водосборном бассейне. Более 60% береговой линии испытывает разрушение, размыв и подтопление, что наносит значительный ущерб народному хозяйству и является дополнительным источником загрязнения морской среды. Особую опасность вызывает захоронение радиоактивных отходов в северных морях. В последние годы контроль за качеством морских вод несколько ослаб и проводится по сокращенной программе в связи с недостаточным финансированием.