Другим инструментом регионального развития должны стать федеральные целевые программы. Федеральные целевые программы регионального развития должны быть двух видов: направленные на решение задачи стимулирования социально-экономического развития (например, обеспечение ускоренного экономического роста в геостратегически важных регионах страны) и направленные на решение задачи обеспечения воспроизводства ресурсов развития (в том числе, на решение проблем кризисных территорий). В отношении двух видов программ должны быть выработаны требования эффективности в соответствии с типологией регионов и спецификой решаемых задач. При этом необходимо обеспечить переход от поддержки конкретных регионов к решению системных проблем.
Федеральные целевые программы регионального развития должны быть построены на следующих принципах:
1) Принцип взаимосвязи и преемственности программ. Программы и проекты по каждому этапу реализации должны быть взаимосвязаны по решаемым задачам и усиливать друг друга;
2) Принцип наращивания усилий. Необходимо обеспечить воспроизводство ресурсов по ходу реализации стратегии, то есть, возможность использовать на последующих этапах ресурсы, образовавшиеся на предыдущих этапах;
3) Принцип экономии ресурсов. При разработке программ важно, чтобы эффект от их реализации был шире, чем непосредственное решение программных задач. Речь идет о создании общих благоприятных социальных, технологических, институциональных и организационных условий, повышающих общую эффективность экономики, социальной сферы;
4) Принцип «средового воздействия». Программы должны быть направлены на формирование условий для решения определенного рода проблем (например, решение проблем миграции за счет создания наиболее благоприятных условий жизнедеятельности и формирования новых рабочих мест), а не на прямое устранение проблемы;
5) Принцип инфраструктурного обеспечения. Эффективность программ определяется изменениями в организационной и институциональной сферах.
Также в мировой практике существует ряд других возможных механизмов социально-экономического развития регионов: бюджетные фонды, обеспечивающие региональное развитие; федеральные агентства регионального развития; национальные институты территориального и городского планирования.