Регионы, создававшиеся и развивавшиеся в нерыночной логике, при помещении их в рыночную среду перестали соответствовать масштабу экономических и социальных процессов открытого рынка. Часть субъектов Российской Федерации и городов - административных центров явно оказались не в состоянии обеспечивать конкурентоспособность собственного хозяйства не только в глобальном, но даже и страновом масштабе. В первую очередь, не нашли себя в новой экономике те поселения, которые исторически возникли в связи с решением старых геополитических задач (центры военно-промышленного комплекса, военные городки, закрытые административно-территориальные образования, монопрофильные поселения, полностью зависящие от технологии градообразующих предприятий и пр.). По экспертным оценкам, ежегодные потери Российской Федерации от неэффективной пространственной организации оцениваются в 2,25-3,0 % ВВП в год.
1.1.1. Постепенная рыночная оптимизация хозяйственной деятельности и численности населения в регионах, столкнувшись с неэффективной пространственной организацией страны, привела к росту расходов на поддержание инфраструктурного хозяйства, избыточного в теряющих население и производственные активы территориях и недостаточного в растущих регионах (ограниченность возможностей портового хозяйства, экспортных трубопроводов в нефтегазовом комплексе, систем жизнеобеспечения в ЖКХ). Зачастую, инженерные и социальные инфраструктуры были развернуты там, где они сейчас не нужны (в частности, 11—12% установленной мощности электрогенерирующих объектов в России не эксплуатируется уже длительное время), а там, где в этих инфраструктурах существует большая потребность, их явно недостаточно (энерогодефицит и перегруженность сетей уже ощущается и в Москве, и Санкт-Петербурге). Нередко данные инфраструктуры предельно устарели, а их эксплуатация чрезвычайно ресурсоемка. Например, эксперты отмечают, что 75% существующего жилого фонда России составляют самые энергозатратные в мире дома из сборного железобетона. На теплоснабжение данного фонда затрачивается не менее 45% энергоресурсов (около 430 млн. тонн условного топлива в год), что в 2,3 раза больше, чем расход топлива на производство электроэнергии. Постоянное наращивание расточительного теплопотребления и большие потери тепла в сетях привели к устойчивому дефициту тепловых мощностей и снижению надежности теплоснабжающих систем. Дефицит тепловой мощности почти в 190 городах России составляет 20% от потребности и, вполне понятно, что в холодные зимы этот дефицит увеличивается в разы. Потери тепла только при транспортировке теплоносителя из-за значительной протяженности и неудовлетворительного состояния магистралей достигают в зимний период 25-30%.
1.1.2. Унаследованная от СССР система расселения и территориальная хозяйственная организация Российской Федерации предопределили закрепление в первую очередь сырьевой специализации страны. Наиболее конкурентоспособной на мировом рынке частью страны оказываются сырьевые зоны России. Они «стягивают» на себя проектные мощности, поглощают свободные капиталы, квалифицированную и мобильную рабочую силу. В частности, большинство инфраструктурных проектов последнего десятилетия нацелены на обеспечение транзитной экономики. Специфической является направленность проектируемых крупных транспортных путей: от сырьевых зон к портам и пограничным переходам для вывоза на экспорт. Отсутствие зон высокоорганизованной урбанистической среды жизни (дефицит современных городских инфраструктур, информационных каналов, экологически благоприятных условий жизни в населенных пунктах, ограниченная транспортная доступность основных мировых центров) становится препятствием для концентрации на территории Российской Федерации ресурсов будущего: высококвалифицированной мобильной рабочей силы, инновационных технологий, источников информации, брэндов, культурных ценностей и так далее.
1.1.3. Складывающаяся в Российской Федерации новая иерархия регионов не всегда обеспечивает рост связанности в стране. Существующие старые региональные границы, поддержанные административно, блокируют процессы социально-экономического развития, регионы-лидеры пока слабо влияют на развитие других территорий. Это выражается, с одной стороны, в значительных потерях, связанных с автономизацией хозяйственных и социальных комплексов отдельных территорий (например, конкуренция портовых комплексов и транспортных проектов на Северо-Западе России). С другой стороны, слабая связанность и непродуктивность взаимодействия регионов в существующей пространственной конфигурации выражается в том, что внутри страны возрастает разрыв в темпах роста экономики между отдельными субъектами Федерации. В конце 1990-х годов, разрыв по объемам валового регионального продукта (ВРП) на душу населения между разными субъектами Российской Федерации составлял 18,9 раз и превышал различия в уровне развития стран так называемого «золотого миллиарда» и беднейших государств мира. Ситуация региональной дифференциации в России в начале 2000-х годов только усугубилась. В 1998 году душевое производство ВРП в десяти наиболее экономически развитых регионах России превышало среднестатистический уровень в 2,5 раза, а в 2000-ом – уже в 3,2 раза. Экономические аутсайдеры увеличили свое отставание от среднероссийских показателей с 3,3 до 3,5 раз. К 2004 году десять-двенадцать субъектов Федерации из 89 обеспечивали более 50% ВВП страны. В этих же регионах сосредоточились основные инвестиции и другие ресурсы экономики. Разрыв в социально-экономической ситуации становится основным социальным противоречием, порождающим политические конфликты.