Вода является идеальной средой для развития многочисленных форм бактерий, простейших и высших организмов. Некоторые из развивающихся в воде микробов являются распространителями «водных инфекций», к числу которых относят возбудителей брюшного тифа, паратифов, холеры, дизентерии и т. д. Вода может быть переносчиком различного рода зародышей глистов (аскарид, карликового цепня и др.) и простейших (амеб, лямблий и др.).В связи с обилием форм патогенных организмов, а также сложностью и длительностью их определения прибегают к анализу воды на наличие в ней «показательных» микробов, что указывает на возможность загрязнения воды патогенной микрофлорой.
Значительная часть патогенных микроорганизмов попадает в водные объекты с фекалиями человека и животных. Эти загрязнения, независимо от наличия в них патогенных микробов, всегда содержат непатогенный микроорганизм - кишечную палочку (Еscherichia Coli), постоянно присутствующую в кишечнике человека и теплокровных животных.
Количество кишечных палочек в воде характеризует степень ее загрязнения фекальными стоками. Эти данные используются для контроля за качеством очистки и обеззараживания воды на водоочистных станциях. До последнего времени считалось, что снижение количества кишечных палочек до 3 в 1 л воды в результате ее обеззараживания обеспечивает полную гибель бактерий тифопаратифной группы, туляремийной палочки, бруцеллеза и др. Количество кишечных палочек в 1 л воды называется коли-индексом, а количество воды, в которой содержится 1 кишечная палочка, называется коли-титром. В соответствии с ГОСТ 2874-82, коли-титр, равный 333 мл, должен обеспечивать эпидемическую безопасность питьевой воды. Однако, по СанПиН 2.1.4.559-96, в 100 мл воды не должно быть этих бактерий.
Бактериальная загрязненность воды характеризуется также числом содержащихся в ней бактерий. Оно не должно превышать 50 в 1 мл воды (50 000 в 1 л). В воде должны также отсутствовать и простейшие
Эпидемические показатели питьевой воды:
| Общее количество микробов образующие колонии в 1 мл воды | не выше 50 |
| Общее количестко кишечных палочек в 1 мл воды | не выше 3 |
| Термртолерантные колиформные бактерии - кол-во в 100 мл воды | отсутствие |
| Общие колиформные бактерии - количество в 100 мл воды | отсутствие |
| Колифаги - количество бляшкообразующих единиц в 100 мл воды | отсутствие |
| Споры сульфитредуцирующих клостридий - кол-во спор в 20 мл воды | отсутствие |
| Цисты лямблий - количество цист в 50 литрах воды | отсутствие |