Биоэнергетические установки способствуют снижению загрязнения окружающей среды всевозможными отходами. Анаэробная ферментация является не только эффективным средством использования отходов животноводства, но и обеспечивает экологическую чистоту, так как в процессе перегнивания погибают болезнетворные микроорганизмы. Кроме того образуются высококачественные удобрения.
Городские стоки, отходы при рубке леса и деревообрабатывающей промышленности представляют собой источники загрязнения природной среды. В то же время они являются сырьем для получения энергии, удобрений и ценных химических веществ. Поэтому развитие биоэнергетики эффективно в экологическом отношении.
Но использование биомассы для получения энергии имеет и негативные последствия. Прямое сжигание древесины дает большое количество твердых частиц органических компонентов, окиси углерода и других газов. По концентрации некоторых загрязняющих веществ продукты сгорания древесины превосходят продукты сгорания нефти и ее производных. Основные опасности, связанные с увеличением использования биомассы в качестве топлива, заключаются в уничтожении лесов, эрозии почвы, замены урожаев, идущих в пищу, «урожаями» топлива [2].