Антивирусные мониторы неэффективны для обнаружения вирусов в почтовых сообщениях. Для этого необходимы специальные антивирусы, способные фильтровать трафик SMTP, POP3 и IMAP, исключая попадание зараженных сообщений на рабочие станции пользователей.
Для защиты почтовых серверов можно приобрести антивирусы, специально предназначенные для проверки почтового трафика, или подключить к почтовому серверу обычные антивирусы, допускающие работу в режиме командной строки.
Демон антивируса Doctor Web можно интегрировать со всеми наиболее известными почтовыми серверами и системами, такими как Doctor ComminiGatePro, Sendmail, Postfix, Exim, QMail и Zmailer. Аналогичные средства предоставляются и Лабораторией Касперского в составе пакета Kaspersky Corporate Suite.
Почтовый сервер MERAK Mail Server допускает подключение внешних антивирусов различных типов, имеющих интерфейс командной строки. Некоторые почтовые серверы (например, EServ) поставляются со встроенным антивирусом.
Можно также дополнительно проверять трафик POP3 и на рабочих станциях пользователей. Это позволяет сделать, например, антивирусный прокси-сервер SpIDer Mail для протокола POP3, который можно приобрести вместе с антивирусом Doctor Web.