Серверы систем документооборота, такие как Microsoft Exchange и Lotus Notes, хранят документы в базах данных собственного формата. Поэтому использование обычных файловых сканеров для антивирусной проверки документов не даст никаких результатов.
Существует ряд антивирусных программ, специально предназначенных для антивирусной защиты подобных систем. Это Trend Micro ScanMail для Lotus Notes, McAfee GroupScan и McAfee GroupShield, Norton Antivirus для Lotus Notes, антивирус Касперского Business Optimal для MS Exchange Server и некоторые другие.
Эти программы сканируют почту и файлы вложений, удаляя в реальном времени все вредоносные программы, обнаруживают макрокомандные вирусы и троянские программы в формах и макросах, в файлах сценариев и в объектах OLE. Проверка выполняется в режиме реального времени, а также по требованию.