Для антивирусной защиты нестандартных информационных систем, хранящих данные в собственных форматах, необходимо либо встраивать антивирусное ядру в систему, либо подключать внешний сканер, работающий в режиме командной строки.
Например, ядро антивируса Doctor Web было использовано ФГУП «НПО машиностроения» для защиты системы документооборота, созданной на базе собственной технологии Sapiens (http://www.npomit.ru). Вся информация, сохраняемая этой системой в базе данных, проверяется антивирусным ядром Doctor Web.
Как разработчики информационных систем для ответственного применения, «НПО машиностроения» снабдило антивирусной защитой такие свои разработки, как Sapiens Регистрация и Контроль Исполнения Документов, Sapiens Мониторинг Вычислительных Ресурсов, Sapiens Электронный Архив Конструкторской Документации.