При разработке методов контроля качества пресноводных экосистем большое внимание уделяется поиску подходящих биоиндикаторов загрязнения и состояния. При изучении водоемов более перспективной считается биоиндикация с помощью животных по следующим причинам: 1) животные образуют наиболее разнообразные экологические связи и стоят на более высоких трофических уровнях экосистем; 2) они наиболее чувствительны к биологическому действию экотоксикантов, а механизмы действия последних часто оказываются общими для ряда классов животных; 3) активно перемещающиеся в экосистемах животные-мониторы, в отличие от растений, дают наиболее интегрированную оценку загрязнения среды их обитания; 4) животные имеют большую длительность жизненного цикла, что позволяет получать интегрированную по времени характеристику загрязнения. В числе потенциальных видов-биоиндикаторов сейчас называют многих беспозвоночных животных.
Ведущие оседлый образ жизни (непроходные) рыбы также могут выступать в качестве биоиндикаторов загрязнения. Верхние трофические уровни в водных экосистемах занимают не только хищные рыбы, но и рыбоядные птицы. Уже давно было выяснено, что для питающихся рыбой из загрязненных ДДТ водоемов птиц коэффициент бионакопления достигает 500 000. Очень высокими могут быть уровни концентрирования птицами тяжелых металлов и радионуклидов, особенно радиоактивных изотопов элементов-органогенов.