Своим рождением первые системы и методы электронной коммерции обязаны появлению технологий автоматизации продаж и внедрению автоматизированных систем управления корпоративными ресурсами. В 1960 американские компании American Airlines и IBM приступают к созданию системы автоматизации процедуры резервирования мест на авиарейсы. Таким образом, система SABRE (Semi-Automatic Business Research Environment) делает воздушные перелёты более доступными для рядовых пассажиров, помогая им ориентироваться в тарифах и рейсах, число которых постоянно растет. За счёт автоматизации процесса расчёта тарифов при резервировании мест снижается стоимость услуг. Это являет собой самый первый опыт создания системы электронной коммерции.
Для развития электронной коммерции были созданы стандарты электронного обмена данными между организациями (Electronic Data Interchange, EDI) — наборы правил электронного оформления типовых деловых документов: заказов, накладных, таможенных деклараций, страховых форм, счетов и т. д.
К концу 60-х годов в США уже существовало четыре индустриальных стандарта для обмена данными в системах управления авиационным, железнодорожным и автомобильным транспортом. Поскольку такая множественность не способствовала развитию экономики, для объединения форматов данных был создан специальный Комитет согласования транспортных данных (Transportation Data Coordination Committee, TDCC). Его труды легли в основу следующего EDI-стандарта ANSI X.12.
Примерно в те же годы аналогичные события произошли и в Англии, хотя в этой стране главной областью применения EDI был не транспорт, а торговля. Выработанный здесь набор спецификаций Tradacoms был принят Европейской экономической комиссией ООН (United Nations Economic Commission for Europe, UNECE) в качестве стандарта обмена данными в международных торговых организациях. Этот набор форматов и протоколов получил название GTDI (General-purpose Trade Data Interchange). В 80-х годах начались работы по объединению европейских и американских спецификаций. На базе GTDI международная организация по стандартизации ISO сформировала новый стандарт Electronic Data Interchange for Administration, Commerce and Transport (EDIFACT, ISO 9735), использующий, в качестве транспортного, протокол электронной почты Х400, что дало новый толчок для увеличения оборотов электронной коммерции и числа вовлеченных в нее компаний. В 1996 году, когда торговля через Интернет была еще в зачаточном состоянии, посредством EDI-транзакций было совершено операций на 300 млрд долларов, а в 1999 году — уже на 1,1 трлн. долларов.
Наиболее динамично рынок электронной коммерции развивается в течение последних 20 лет, что обусловлено стремительным ростом количества интернет-пользователей, увеличением влияния социальных сетей и других интерактивных онлайн платформ, динамичным развитием систем электронных платежей.