Этот отдел воздухоносных путей является вторым эшелоном защиты лёгких от токсикантов. Дыхательные пути покрыты реснитчатым эпителием. Секреторные клетки, бокаловидные клетки, щеточные клетки, клетки Клара и целый ряд других клеток продуцируют секрет, тонким слоем выстилающий слизистую дыхательных путей. Реснички эпителия совершают ритмические движения, поддерживая ток слизи из легких. С этим током из лёгких и дыхательных путей выводятся адсорбировавшиеся на поверхности эпителия частицы веществ не растворяющихся в воде (и, следовательно, секрете трахеобронхиальных желез). Скорость движения частиц по поверхности эпителия трахеи и бронхов составляет 1 - 4 мкм/ мин. Мукоцилиарный транспорт - важнейший механизм освобождения дыхательных путей от ингалированных частиц аэрозолей.
Дыхательные пути подразделяются на три основные категории: бронхи, содержащие хрящ, респираторные бронхиолы, участвующие в газообмене, альвеолярные ходы. Хрящесодержащие бронхи выполняют функцию своеобразного каркаса лёгких и совместно с вышележащими дыхательными путями образуют так называемое "мёртвое пространство", объём которого оценивается физиологическими методами.
Респираторные бронхиолы представляют собой короткие трубочки диаметром около 0,5 мм с эластичной стенкой. Их поверхность выстлана реснитчатым и кубовидным эпителием, который постепенно уплощаясь, превращается в альвеолярный эпителий, выстилающий альвеолярные ходы, альвеолярные мешочки, альвеолы.