Помимо осуществления внешнего дыхания респираторная система имеет и ряд других важных функций. Среди них: продукция и секреция гормонов и медиаторов, биотрансформация и выведение из организма ксенобиотиков и некоторых биологически активных веществ. В частности в лёгких активно метаболизируют основные амины, полициклические ароматические углеводороды. Ферментные системы, ответственные за метаболизм, те же, что и в других органах. Это, прежде всего, оксидазы смешанной функции (монооксигеназы, цитохром-Р450-зависимые оксидазы) и несколько коньюгирующих энзимов, включая глюкуронозилтрансферазу, сульфотрансферазу, глютатионтрансферазу. В сравнении с печенью напряженность процессов биотрансформации в лёгких значительно ниже. Так, содержание цитохрома-Р-450 в легких составляет 10 - 20% от уровня, определяемого в печени. Основные клеточные структуры, ответственные за метаболизм ксенобиотиков - пневматоциты 2-го порядка.
При анализе токсичности необходимо учитывать способность лёгких к селективному захвату ряда веществ (прежде всего органических аминов). Так, активно захватывается лёгкими паракват, превращаясь затем в пульмонотоксикант. В качестве примера биологически активных веществ, метаболизируемых в лёгких, можно привести полипептид ангиотензин-1, трансформируемый в лёгких в ангиотензин-11. Энзим, катализирующий это превращение, обнаружен в эндотелии лёгочных капилляров. Превращение серотонина (МАО), некоторых простогландинов, также происходит в основном в лёгких. Таким образом, повреждение легочной ткани может иметь целый спектр последствий, влияющих на функциональное состояние организма в целом.