Особую группу государственных органов, не относящихся ни к одному из ранее названных видов органов государственной власти, составляют органы прокуратуры.
Прокуратура Российской Федерации, согласно Конституции (ст. 129), составляют единую централизованную систему с подчинением нижестоящих прокуроров вышестоящим и Генеральному прокурору Российской Федерации.
Основной видовой особенностью органов прокуратуры является осуществление ими надзора за исполнением законов федеральными министерствами и службами, представительными (законодательными) и исполнительными органами субъектов Российской Федерации, органами местного самоуправления, органами контроля, их должностными лицами, а также соответствием законам издаваемых ими правовых актов. Особую функцию прокуратуры образует участие прокуроров в рассмотрении дел судами. Прокуратура осуществляет также функцию расследования преступлений, является органом защиты прав потерпевшего от преступного посягательства. Прокуратура участвует в правотворческой деятельности государства.
В соответствии с Конституцией Российской Федерации (ч. 2 ст. 129) Генеральный прокурор Российской Федерации назначается на должность и освобождается от должности Советом Федерации по представлению Президента Российской Федерации. Прокуроры субъектов Федерации назначаются Генеральным прокурором по согласованию с субъектами Федерации. Иные прокуроры назначаются Генеральным прокурором Российской Федерации.
Полномочия, организация и порядок деятельности прокуратуры Российской Федерации определяются Законом Российской Федерации от 17 января 1992 года «О прокуратуре Российской Федерации».
Помимо органов государственной власти в систему государственных органов Российской Федерации входят также и другие государственные органы, осуществляющие, как правило, различные вспомогательные, совещательные и другие такого рода функции, определяемые органами государственной власти, при которых обычно состоят эти государственные органы.
В число этих органов входят, например, Администрация Президента Российской Федерации, обеспечивающая деятельность Президента России; Совет Безопасности Российской Федерации, обеспечивающий условия для реализации Президентом Российской Федерации условия для реализации Президентом Российской Федерации конституционных полномочий по защите прав и свобод человека и гражданина, охране суверенитета Российской Федерации, её независимости и государственной целостности, а также ряд других государственных органов.