Основні функції податкової служби наразі неможливо було б виконувати без підрозділів податкової міліції, які беруть активну участь у здійсненні контролю за повнотою та своєчасністю надходжень до бюджету податків та зборів, забезпечують вилучення з тіньової економіки коштів, прихованих від оподаткування.
З цією метою були впроваджені та відпрацьовані чіткі механізми взаємодії підрозділів податкової міліції з підрозділами аудиту, валютного контролю, ПДВ та економічного аналізу, що дозволило з максимальною ефективністю запобігати та виявляти злочини у сфері оподаткування та забезпечувати надходження до держбюджету додаткових коштів.
Для активізації протидії злочинності у сфері оподаткування, забезпече-ння мобілізації коштів до бюджету з тіньового сектора економіки в даний час вживаються організаційні та практичні заходи щодо підвищення ефективності та зміни пріоритетів в діяльності податкової міліції.
В основу організації виявлення і руйнування злочинних схем ухилення від сплати податків та забезпечення відшкодування збитків, завданих державі, покладається комплексне оперативно-економічне відпрацювання інформації про системно організовані злочинні дії міжрегіонального характеру, що призводять до значних втрат державного бюджету.
При цьому особлива увага приділяється відпрацюванню транзитних підприємств та суб'єктів господарювання з ознаками фіктивності. Саме ці ланки є інструментом, який використовується для ухилення від сплати податків, незаконного відшкодування податку на додану вартість та конвертації безготівкових коштів у готівку.
Разом з тим документування протиправної діяльності безпосередньо спрямовується на притягнення до кримінальної відповідальності організаторів злочинних схем та забезпечення можливості відшкодування завданих державі збитків за рахунок реально діючих підприємств — замовників послуг з конвертації грошових коштів та мінімізації податкових зобов'язань.
Схеми з мінімізації бази оподатковування в значній мірі побудовані і використовуються через недосконалість податкового законодавства. Щоб виявити і зруйнувати злочинний ланцюжок, усі його ланки потрібно відпрацьовувати одночасно. Якщо одна ланка працює в Харкові, а інша — у Львові, виходить, потрібно паралельно перевіряти як харківські, так і львівські «філії» угруповань. Необхідна комплексна робота по всій Україні, і лише тоді зможемо одержати реальні результати.
Боротьба з мінімізаторами вимагає якісно нового підходу до оцінки діяльності підприємств.
Потрібно зосередити увагу на відпрацьовуванні саме тих підприємств, для яких ці схеми створюються. Тобто потрібно відстежити всі зв'язки мінімізатора і вийти на замовників послуг. Якщо ми ліквідуємо тільки мінімізатора, його клієнти просто знайдуть собі іншого виконавця. А в бюджет нічого не додасться.
Нині основні зусилля податкової міліції спрямовані на захист економіки країни, викриття злочинів у економічній сфері, забезпечення відшкодування завданих державі збитків.
З початку створення податкова міліція розкрила понад 90 тисяч злочинів у сфері оподаткування. Серед інших виявлено близько 30 фактів безпідставних заявок на відшкодування ПДВ на суму майже 13 мільярдів гривень. Припинено діяльність понад 40 тисяч підприємств з ознаками фіктивності, ліквідовано близько 2 тисяч конвертаційних центрів. Завдяки роботі підрозділів податкової міліції до бюджетів усіх рівнів надійшло понад 30 мільярдів гривень.
За час існування податкової міліції в складі Державної податкової служби, рівень доходів до зведеного бюджету, мобілізованих державною податковою службою збільшився з 21,5 млрд. грн. в 1996 році до 96,1 млрд. грн. в 2006 році, тобто в 4,5 рази.
Податкова міліція, крім виконання основних функцій, здійснює дуже важливу на сучасному етапі розвитку держави роботу — боротьбу з корупцією в органах державної податкової служби.
Даючи оцінку роботі Державної податкової адміністрації України за 2006 рік, боротьбу з корупцією в органах податкової служби керівництвом країни визначено одним із пріоритетних завдань.
Над цим завданням активно працюють спеціальні підрозділи податкової міліції по боротьбі з корупцією, роблячи усе можливе для усунення причин та умов, завдяки яким існують об'єктивні чинники для проявів корупції в податковій системі.
Практика свідчить, що лише ретельно підготовлена, скоординована у часі діяльність оперативних і слідчих підрозділів податкової міліції у взаємодії з ревізорським апаратом податкової служби та іншими контролюючими органами призводить до бажаного результату. [28]