Отечественному рыболовству, как впрочем, и всему рыбохозяйственному комплексу, еще не оправившимся от изменения международных условий, в начале 1990-х гг. был нанесен второй удар. Он был обусловлен распадом СССР и проведением либеральных и экономических реформ в шоковом варианте, полностью проигнорировавших и специфику отрасли, и ситуацию, складывающуюся в Мировом океане, которые диктовали необходимость внимания государства к судьбе отечественного рыболовства.
С прекращением договора об СССР Россия, по историческим меркам, практически мгновенно оказалась в качественно новой политической ситуации во всем, что касается условий обеспечения государственных интересов при деятельности в открытых районах Мирового океана. Более того, страна была оттеснена на северо-восток евразийского материка, «отодвинута» от своих основных торгово-экономических контрагентов и глобальных коммуникаций всех типов, от наиболее удобных и благоприятных для жизни и хозяйственной деятельности регионов.
Ухудшение географических и природно-климатических параметров в сравнении со среднемировыми условиями хозяйствования объективно повлекло за собой рост прямых и косвенных издержек, связанных с осуществлением рыбохозяйственной деятельности, снизило конкурентоспособность национального рыболовства. Потеря непосредственных выходов к морю от побережий Украины, Грузии, прибалтийских республик СССР не только обусловила повышенные транзитные и портовые издержки при транспортировке грузов, предназначенных на вывоз и ввоз, но и потребовала серьезных капитальных вложений в развитие северных, дальневосточных, южных и западных портовых терминалов и наземных транспортных путей к ним.