Особое внимание при выявлении и изучении основных комплексов проблем при формировании политики в области развития рыбной промышленности и хозяйства в кратко-, средне- и долгосрочной перспективе должно уделяться комплексу региональных проблем.
В качестве основных проблем регионального характера в рыбохозяйственном комплексе страны выступают:
- необходимость реорганизации системы управления рыбохозяйственным комплексом, в том числе в области информационного обеспечения, которая должна осуществляться в рамках реформирования общей системы управления рыбной промышленностью и хозяйством России;
- преодоление энергетического кризиса и высокой стоимости электроэнергии, поставляемой рыбохозяйственным предприятиям регионов, субъектов Российской Федерации;
- разрешение усугубившихся социальных противоречий (в том числе связанных с сокращением рабочих мест) в регионах, субъектах Российской Федерации в результате не прекращающегося структурного кризиса в экономике страны;
- возникшая в последние годы качественно новая проблема, связанная с «вымыванием» квалифицированных кадров, наряду со снижением уровня жизни населения в регионах, субъектах Российской Федерации;
- необходимость расширения и углубления комплексного изучения водного биопотенциала прибрежных зон России. Из них более трети - это малоиспользуемые и недоиспользуемые объекты. Кроме того, следует заметить, что данная оценка не является окончательной (особенно с учетом неопределенности ширины прибрежной зоны); практически отсутствует единое мнение и о состоянии водных биоресурсов шельфовой зоны. Сегодня научные исследования водных биоресурсов прибрежной зоны проводятся в весьма незначительных масштабах, на очень ограниченных акваториях. Например, в Сахалинской области при недостаточном финансировании запасы водных биоресурсов учитываются только по 10-20 промысловым видам (следует заметить, что в Японии они учитываются по 500-600 видам);
- необходимость ликвидации существующего серьезного перекоса в использовании водных биоресурсов прибрежной зоны. Некоторые объекты подвергаются существенному промысловому прессу, другие в значительной степени недоиспользуются, промысел многих практически не ведется;
- возможность неблагоприятного влияния на состояние экосистемы организации и расширения добычи нефти и газа на шельфах Сахалина, Камчатки, Баренцева и Печорского морей требуют проведения соответствующих мер.
Среди других региональных проблем, имеющих специфических характер, неразрешенность которых существенно сдерживает сегодня развитие прибрежного рыбохозяйственного комплекса в регионах, субъектах Российской Федерации, можно отметить также необходимость:
- совершенствования нормативной правовой базы, регламентирующей ведение прибрежного промысла и законодательно определяющей такие ключевые положения, как: понятие прибрежной зоны; порядок закрепления промысловых участков и выделение концессий на определенные виды морской деятельности, устанавливающей взаимоотношения между различными хозяйствующими субъектами промысла, в частности, использующие активные и пассивные орудия лова, и т.д.;
- приведения в соответствие потребностей предприятий берегового перерабатывающего комплекса, мощности которого ориентированы в основном на прием крупных партий отдельных видов гидробионтов, с возможностями предприятий прибрежного промысла, поставляющих в относительно небольших объемах гидробионты в широком ассортименте;
- развития важнейших функций управления рыболовством - учета, контроля, анализа и регулирования дислокации судов, орудий лова и промысловой разведки. Отсутствие или неразвитость этих функций приводит к значительному превышению допустимых размеров промысловых нагрузок на ряде акваторий побережья;
- обновления малого и маломерного флота для прибрежного рыболовства и ускорения очистки захламленных ковшей-убежищ старыми судами;
- приведения в соответствие существующей ремонтной базы и системы обеспечения безопасности мореплавания с нуждами прибрежного малого и маломерного добывающего флота;
- создания и развития рынков рыбных товаров, которые позволили бы малым предприятиям оперативно и выгодно реализовывать свою продукцию, производимую в море, и формировать крупные партии ее для дальнейшей переработки на предприятиях прибрежной зоны, а также реализации на внутреннем рынке страны в других регионах или на экспорт;
- совершенствования системы учета, контроля и анализа соблюдения правил рыболовства с учетом выловленных гидробионтов и реально осуществленных платежей. Сегодняшнее несоответствие их приводит к значительному расхождению между налоговыми ожиданиями государства и реальными отчислениями в бюджеты всех уровней;
- введения (уточнения) ограничений на работу промысловых судов в прибрежных зонах, регионах, субъектах Российской Федерации.