Источники напряжения обеспечивают подачу постоянного напряжения в диапазоне от –25 до +25 кВ. Максимально допустимый ток в капилляре не должен превышать 200 мкА. В отношении величины тока в капилляре при анализе следует ориентироваться на следующие данные: <50 мкА - отлично; 50–75 мкА - хорошо; 75–100 мкА - нормально; 100–125 мкА - допустимо; >125 мкА - плохо.
Обычно переключение полярности происходит в ручном режиме со сменой высоковольтных блоков. Также существуют приборы с автоматическим переключением полярности, что в ряде анализов позволяет добиться эффекта концентрирования пробы на этапе ее ввода (внутри капилляра) - так называемое on-line концентрирование.
Безопасность работы достигается автоматическим отключением высокого напряжения при открывании крышки прибора или при достижении максимально допустимого тока нагрузки.
Запись кривых тока и напряжения и визуальный контроль их значений на мониторе компьютера могут указать на случайные нарушения во время анализа и полезны при поиске ошибки.