Для качественного и количественного анализа в КЭ обязательно проводят градуировку системы путем анализа нескольких смесей известного состава. Результатом градуировки являются формирование таблицы компонентов, их времен миграции и построение градуировочной зависимости сигнала детектора от концентрации вещества.
В КЭ используют те же принципы интегрирования пиков, методы градуировки, способы формирования отчетов, как в газовой хроматографии и ВЭЖХ. По аналогии с ВЭЖХ большинство детекторов в КЭ являются концентрационными, где высота или площадь пика прямо пропорциональны концентрации вещества, образующего пик.
Качественный анализ обычно состоит в сравнении времен миграции (для КЗЭ) или времен удерживания (для МЭКХ, из-за различий в принципе разделения), полученных для стандарта и пробы, измеренных в одинаковых условиях. При совпадении этих времен с заданной точностью (окно идентификации редко >5 %), то считают, что искомое вещество в пробе найдено. Такой способ идентификации не надежен в случае анализа проб со сложной матрицей.
При качественном анализе близких пиков рекомендуется использование метода добавок. Если на электрофореграмме появляется новый пик, это означает, что анализируемый компонент ранее в пробе отсутствовал. Если же один из бывших пиков увеличился по высоте (площади), то можно утверждать, что это и есть анализируемый компонент. Величину добавки обычно выбирают так, чтобы высота (площадь) интересующего нас пика увеличилась не более чем в 2–3 раза.
Ситуация, когда время миграции компонента нестабильно от анализа к анализу, нередко связана с нестабильностью ЭОП. Использование в этих случаях маркера ЭОП (например, ацетона) как в растворе стандарта, так и в пробе, позволяет вычислить исправленные времена миграции, представляющие собой разность времен миграции анализируемого вещества и метки ЭОП.
Для повышения достоверности идентификации компонента используют введение в стандартный раствор и пробу внутреннего стандарта (маркера). Это вещество, заведомо отсутствующее в пробах, но имеющее схожие с определяемым компонентом аналитические свойства. Для стандарта и пробы вычисляют относительные времена миграции и находят в пробе близкие по значению результаты.
Наиболее достоверную идентификацию вещества можно получить при использовании диодно-матричного детектора, который по результату одного анализа может предоставить информацию:
- по сопоставлению времени миграции вещества и его спектра в пробе и стандартном растворе (при этом дополнительно будет дана оценка чистоты пика пробы по наложению спектров, снятых в трех точках пика: на обоих склонах и в максимуме);
- по отношению площади пика на двух разных l, полученных для стандарта и пробы. Для одного и того же вещества на двух разных l при неизменном времени миграции отношение площадей в стандартном растворе и растворе пробы должно быть постоянным. Длины волн выбирают так, чтобы компонент имел при них разное поглощение и высота или площадь пика при разных l были бы различными.
Известно также, что площадь пика зависит от ЭОП и электрофоретической подвижности иона, которые влияют на его скорость. Чем медленнее движется ион по капилляру, тем шире пик и больше его площадь. Для корректировки нестабильности скорости движения иона рекомендуется сравнивать для двух разных l отношения площади пика к его времени миграции. Считается также, что использование электрофоретической подвижности вместо времени миграции позволяет корректно идентифицировать компоненты сложных смесей.