Для количественного определения необходимо выбрать метод градуировки (внешнего стандарта (абсолютной градуировки), внутреннего стандарта, метод добавок) и определить, какую величину отклика детектора - высоту пика или площадь пика - будут использовать. Затем анализируют стандартные растворы с известными концентрациями веществ и для каждого компонента строят градуировочную зависимость отклика детектора от концентрации вещества, после чего анализируют пробу неизвестного состава и по градуировочному графику находят концентрацию определяемых веществ.
Основным методом градуировки является метод внешнего стандарта (абсолютной градуировки), для которого необходимо иметь ГСО или химически чистые стандарты всех определяемых компонентов. Для одноточечной градуировки компонента используется один градуировочный раствор, зависимость носит строго линейный характер и, как правило, выходит из начала координат. Для построения многоточечной градуировки анализируют несколько подобранных по концентрациям градуировочных растворов, после чего с помощью метода наименьших квадратов рассчитывают коэффициенты прямой, наилучшим образом описывающей экспериментальные данные.
Современные программные комплексы позволяют собирать и обрабатывать электрофоретические данные, хранить их, а также формировать и выдавать отчеты. Для систем КЭ «Капель» рекомендуется программа «МультиХром®». Приборы «Капель» модификации «М» снабжаются программой «Эльфоран®», которая позволяет также управлять самой системой капиллярного электрофореза.