Первые аналитические приложения КЭ были связаны с разделением заряженных компонентов: наиболее подходящими оказались неорганические катионы и анионы, а также карбоновые кислоты. В биотехнологии КЭ используют для анализа макромолекул: белков, углеводов, нуклеиновых кислот. В фармации оценка чистоты лекарственных препаратов и хиральные разделения до сегодняшнего дня в мире на 90 % выполняются различными вариантами КЭ.
Первым этапом анализа является отбор и подготовка пробы. Отобранная проба должна быть представительной, а процедура отбора пробы - легко воспроизводимой.
Схема анализа пробы, разбавленной буфером с минимальной электропроводностью при известном ионном составе включает этапы:
а) для анализа катионов используют 25мМ фосфатный буфер (рН 2,5);
б) для анализа анионов используют 25мМ боратный буфер (рН 9,3);
в) для анализа нейтральных соединений используют 25мМ боратный буфер (рН 9,3) с 25мМ додецилсульфата натрия.
При наложении пиков проводят оптимизацию разделения.
При отсутствии пиков из-за слишком низкой концентрации компонентов выбирают более чувствительный детектор, концентрируют пробу или используют электрокинетический ввод пробы.
На этапе подготовки пробы к анализу проводят удаление мешающих веществ, выделение и концентрирование определяемых соединений, их превращение в более удобные аналитические формы (при необходимости). Так, КЗЭ с косвенным УФ-детектированием позволяет анализировать неорганические анионы в водных объектах на уровне 0,1 мг/л. Подготовка образца питьевой, природной или сточной воды к анализу заключается в фильтровании пробы через мембранный фильтр (диаметр пор 0,2 мкм) и дегазировании фильтрата путем центрифугирования. Для КЭ характерны высокая скорость анализа и малый расход реактивов. Промежуточные операции пробоподготовки должны быть унифицированными и максимально простыми.