Многоалфавитные поточные шифры не распространяют ошибок при искажении отдельных знаков шифртекста, но оказываются неустойчивыми к пропускам/вставке знаков шифртекста, поскольку это приводит к неправильному расшифрованию всего текста, следующего за пропущенным/вставленным знаком. Поэтому с учетом наличия помех приходится решать проблему синхронизации процедур зашифрования и расшифрования.
По способу решения этой проблемы поточные шифрсистемы делят на синхронныеи системы с самосинхронизацией.
В синхронных поточных шифрсистемах синхронизация достигается при помощи вставки в передаваемое сообщение специальных маркеров. В результате искажение не распространяется за пределы периода вставки маркеров.
Другое решение состоит в реинициализациисостояний, как шифратора отправителя, так и шифратора получателя при некотором согласованном условии.
Примеры синхронных систем – регистры сдвига с обратной связью, дисковые шифраторы или шифрмашина Хагелина C-36.
Системы с самосинхронизацией чаще всего используются в режиме шифрования с обратной связью по шифртектсту (CFB), в котором текущее состояние системы зависит от некоторого числа N предыдущих знаков шифртекста. В этом случае потерянный в канале знак влияет на N последовательных состояний. После приема N правильных последовательных знаков из канала связи состояние приемного шифратора становится идентичным состоянию передающего шифратора.