Велика роль микроорганизмов в формировании почвы. В ней они распределены неравномерно: их больше в верхних слоях и вблизи растений. Количество микроорганизмов околокорневой зоны в тысячи раз превышает микробное число не занятой растениями почвы.
В черноземах и сероземах их больше, в глинистых и песчаных почвах - меньше. Численность их зависит от времени года (больше вначале лета и осенью), влажности, содержания органического вещества в почве, погодных условий, аэрации и физико-химических свойств почвы.
В 1 г почвы насчитывается до 6 млрд. микробных тел. На микробиоценоз почвы существенно влияет деятельность человека: обработка почвы, внесение удобрений, мелиорация, загрязнение отходами производств.
В состав микробного населения почвы входят: цианобактерии, плесневые грибы, актиномицеты, бактерии и другие микроорганизмы.
Водоросли - в почве синтезируют органическое вещество, фиксируют азот из воздуха и повышают плодородие почвы.
Грибы - бесхлорофильные организмы. Наиболее распространены в кислых, богатых органическим веществом и хорошо аэрируемых почвах. Грибы расщепляют до 50% и более клетчатки. Играют важную роль в образовании гумуса, повышают плодородие почвы.
Актиномицеты- обитают в нейтральных и щелочных, хорошо аэрируемых, небогатых органическим веществом и влагой почвах. Их численность весной составляет до 20%, а осенью - 30% общей микрофлоры почвы. С помощью антибиотиков они поддерживают равновесие микроорганизмов в зоне обитания.
Бактерии -по количеству и разнообразию превосходят другие группы микробов. В эту группу входят литотрофы и органотрофы, возбудители аммонификации, нитрификации, фиксации азота, превращения серы, железа и других элементов в почве.
В почве встречаются в большом количестве патогенные клостридии (возбудители столбняка, газовой гангрены, ботулизма), возбудители сибирской язвы, эмфизематозного карбункула, рожи свиней. Летом споры возбудителя сибирской язвы в черноземах могут прорастать, а с наступлением неблагоприятных условий переходят в исходную форму.
В верхних слоях почвы кроме аэробов могут быть и анаэробы, поскольку в каждом комочке имеются микрозоны, благоприятные для их развития, также как в кислых почвах имеются микрозоны для развития алкалофильных микроорганизмов.