Межведомственный контроль за обеспечением защиты государственной тайны в органах государственной власти, на предприятиях, в учреждениях и организациях осуществляют органы федеральной исполнительной власти (Федеральная служба безопасности Российской Федерации, Министерство обороны Российской Федерации, федеральное агентство правительственной связи и информации при Президенте Российской Федерации), Служба внешней разведки Российской Федерации, Государственная техническая комиссия при Президенте Российской Федерации и их органы на местах, на которые эта функция возложена законодательством Российской Федерации.
Органы государственной власти, наделенные в соответствии с настоящим Законом полномочиями по распоряжению сведениями, составляющими государственную тайну, обязаны контролировать эффективность защиты этих сведений во всех подчиненных и подведомственных им органах государственной власти, на предприятиях, в учреждениях и организациях, осуществляющих работу с ними.
Федеральным законом от 6 октября 1997 г. № 131-ФЗ часть третья статьи 31 настоящего Закона изложена в новой редакции, см. текст части третьей в предыдущей редакции.
Контроль за обеспечением защиты государственной тайны в Администрации Президента Российской Федерации, в аппаратах палат Федерального Собрания, Правительства Российской Федерации организуетсяих руководителями.
Контроль за обеспечением защиты государственной тайны в судебных органах и органах прокуратуры организуется руководителями этих органов.