1. Федеральное агентство находится в непосредственном ведении Президента Российской Федерации и является центральным органом федеральной исполнительной власти, ведающим вопросами организации и обеспечения правительственной связи, иных видов специальной связи для государственных органов, организации и обеспечения криптографической и инженерно-технической безопасности шифрованной связи, организации и ведения разведывательной деятельности в сфере шифрованной, засекреченной и иных видов специальной связи, специального информационного обеспечения высших органов государственной власти Российской Федерации, центральных органов федеральной исполнительной власти. Возглавляет Федеральное агентство и руководит его деятельностью генеральный директор.
Подразделения и части радиоразведки Федерального агентства, обеспечивающие организацию и ведение разведывательной деятельности в сфере шифрованной, засекреченной и иных видов специальной связи, образуют орган внешней разведки Федерального агентства, руководимый генеральным директором и действующий в соответствии с Законом Российской Федерации «О внешней разведке».
2. Федеральное агентство осуществляет государственное регулирование и межотраслевую координацию по вопросам, находящимся в его ведении.
Нормативные акты, предписания Федерального агентства в части организации, обеспечения функционирования и безопасности правительственной, шифрованной и иных видов специальной связи обязательны для исполнения государственными органами, а также организациями, предприятиями, учреждениями независимо от их ведомственной принадлежности и организационно-правовых форм с учетом взаимно согласованных требований ведомственных инструкций по организации и обеспечению безопасности шифрованной связи.
Согласно Указу Президента РФ от 24 декабря 1993 г. № 2288 часть третья статьи б настоящего Указа не подлежит применению органами государственной власти, органами местного самоуправления и их должностными лицами в части согласования положений с комитетом Верховного Совета Российской Федерации и высшими должностными лицами субъектов Российской Федерации.
3. Задачи, функции, организация и структура Федерального агентства определяются Положением о Федеральном агентстве правительственной связи и информации при Президенте Российской Федерации, утверждаемым Президентом Российской Федерации по согласованию с Комитетом Верховного Совета Российской Федерации по вопросам обороны и безопасности.
4. Федеральное агентство организует, руководит и непосредственно проводит работу по направлениям деятельности федеральных органов правительственной связи и информации, издает приказы, указания, положения, инструкции и другие нормативные акты, обязательные для исполнения в системе федеральных органов правительственной связи и информации.