Методология экологического аудита во многом определяется особенностями объекта и целями проверки. В зависимости от специфики системы менеджмента организации, а также с целью оптимизации затрат и достижения задач программы аудита, его можно планировать (строить) по следующим схемам:
1) аудит деятельности подразделений, включающий обследование всех процессов в которых они задействованы;
2) аудит взаимодействия процессов системы менеджмента, включающий последовательное обследование каждого процесса в разных подразделениях организации.
Недостатком первого метода является отсутствие прослеживаемости взаимодействия между подразделениями в рамках процессов системы менеджмента.
Аудитор имеет возможность «проследить» весь процесс с учетом структуры организации и получить информацию о взаимодействии подразделений в рамках процессов.
Возникает необходимость дополнительных затрат времени на перемещение аудиторской группы из подразделения в подразделение при отслеживании цепочки процессов. Кроме того, из поля зрения неопытного аудитора могут выпасть вспомогательные процессы (управление документами, записями и т. п.).
На практике наиболее часто применяется комбинированный метод, при котором аудит проводится по подразделениям, но для аудита выбираются несколько конкретных объектов (проекты, контракты, изделия и т. п.).
В практике экоаудита широко используется ряд специальных методов, позволяющих организовать разнообразные данные, получаемые в процессе проведения аудиторских программ: