С учетом цели дезинфекции (профилактическая или вынужденная) и принадлежности возбудителя болезни к определенной группе устойчивости подбирают концентрацию рабочих растворов дезинфицирующих средств. По устойчивости к дезинфицирующим средствам, а также с учетом степени опасности болезни и защищенности микроорганизмов биологическими субстратами возбудителей инфекционных болезней животных делят на четыре группы: малоустойчивые, устойчивые, высокоустойчивые и особо устойчивые.
К малоустойчивым (первая группа) относятся возбудители лейкоза, бруцеллеза, колибактериоза, лептоспироза, листериоза, болезни Ауески, пастереллеза, сальмонеллеза, трихомоноза, кампилобактериоза, трипанозомоза, токсоплазмоза, инфекционного ринотрахеита, парагриппа и вирусной диареи крупного рогатого скота, контагиозной эктимы, отечной болезни, инфекционного атрофического ринита, дизентерии, трансмиссивного гастроэнтерита, балантидиоза, гемофилезной плевропневмонии и рожи свиней, диарейных заболеваний молодняка, вызываемых условно-патогенной микрофлорой (протей, клебсиеллы и т. п.).
К устойчивым (вторая группа) относятся возбудители аденовирусных инфекций, ящура, оспы, туляремии, стафилококкоза, стрептококкоза, бешенства, чумы, некробактериоза, аспергиллеза, кандидомикоза, трихофитии, микроспории и других микозов животных, хламидиозов, риккетсиозов, энтеровирусных инфекций, гриппа животных и птицы, злокачественной катаральной горячки, перипневмонии, актиномикоза крупного рогатого скота, везикулярной болезни свиней.
Дезинфекцию проводят по режимам второй группы возбудителей также при болезнях, вызываемых неклассифицированными вирусами.
Высокоустойчивые возбудители: возбудители туберкулеза животных и паратуберкулезного энтерита крупного рогатого скота.
К особоустойчивым относятся возбудители сибирской язвы, анаэробной энтеротоксемии поросят, брадзота, злокачественного отека, эмкара, других споровых инфекций, кокцидиоза.
По режимам четвертой группы возбудителей дезинфекцию осуществляют при остропротекающих инфекционных болезнях животных невыясненной этиологии.