Уничтожение микроорганизмов во внешней среде, в том числе возбудителей инфекционных болезней, возможно и биологическими средствами, например, с помощью микробов-антагонистов, термофильных микробов. Они эффективны для обеззараживания сточных вод на полях орошения и фильтрации, мусора, отбросов и трупов, компостов, биотермических ям и т.д.
Промышленность выпускает более 20 действенных препаратов бактериальной природы. Но в ветеринарии этот метод не получил широкого распространения. Биологический способ успешно применяется при обеззараживании навоза.