Обезвреживание трупов животных можно проводить тремя способами: переработкой на заводах по производству мясокостной муки, сжиганием и биотермическим обеззараживанием в специальных ямах.
Обеззараживание на заводах по производству мясокостной муки. Трупы животных, павших от острых инфекционных болезней и не подлежащие вскрытию (сибирская язва, бешенство, эмкар, эпизоотический лимфангит, злокачественный отек, чума крупного рогатого скота и др.), направляют в вертикальные автоклавы для стерилизации, затем разваренную массу смешивают с другим сырьем, не контаминированным с особо опасными возбудителями, загружают в вакуум-горизонтальный котел и подвергают технологической обработке.
Трупы животных, павших от других причин, предварительно направляют на вскрытие (с них обязательно снимают шкуры).
Сжигание трупов. Трупы животных, павших от особо опасных инфекций, сжигают в специальных трупосжигательных печах. В полевых условиях при отсутствии специального оборудования трупы сжигают на кострах.
Биотермические ямы (ямы Беккари)—сооружения глубиной не менее 10 м, шириной 3 м с укрепленными стенками и плотно пригнанной, закрывающейся на замок двойном крышкой. Их устраивают в сухих местах, расположенных не ближе 0,5 км от населенных пунктов, предприятий, проезжих дорог, пастбищ, рек, прудов, колодцев. Всю территорию огораживают сплошным забором высотой не менее 2 м. С. внутренней стороны забора на всем протяжении копают канаву глубиной 0,5–1,4 м и шириной не менее 1 м, за въездными воротами через канаву строят мост. Над ямой устраивают навес 5х6 м. Около навеса строят помещение для вскрытия трупа. При разложении трупов температура в гниющей массе достигает 65–70оС, что обеспечивает гибель патогенных микроорганизмов.