Диагноз ставят на основании обнаружения ооцист криптоспоридий в фекалиях (методом нативного мазка и флотационные методы). Ооцисты выявляют в мазках после окрашивания из по Циль-Нильсену с докрашиванием 1%-ным бриллиантовым зеленым на 100 спирте, по Циль-Габбету, по Козлову.
Обследуют поросят с 3-4-дневного возраста, у павших поросят берут соскобы слизистой оболочки нижней части подвздошной кишки.
Для лечения криптоспоридиоза применяют перорально сульфадимезин в дозе 0,05 г/кг два раза в день и фумаровую кислоту в дозе 0,1 г/кг однократно в течение 5 дней, сульфадимезин в дозе 0,05 г/кг и ампролиум в дозе 0,2 г/кг два раза в день в течение 5 дней.