Институциональное развитие сектора исследований и разработок заключается в существенном повышении роли вузов и обеспечивается через поддержку программ развития ведущих вузов; кооперации учебных и научных организаций с предприятиями высокотехнологичных секторов экономики; научных исследований, проводимых под руководством ведущих ученых в учреждениях высшей школы и научных учреждениях государственных академий наук. В этих целях в 2012-2015 гг. Правительством Российской Федерации предусмотрены средства федерального бюджета.
На 2013 год на привлечение ведущих зарубежных ученых в российские образовательные учреждения высшего профессионального образования предусмотрено 4,2 млрд. рублей., на 2013-2015 годы – 9,8 млрд.рублей
Программа поддержки кооперации вузов с предприятиями для реализации проектов по созданию высокотехнологичных производств продолжена до 2015 года с объемами финансирования 18 млрд. рублей (2013 год – 5 млрд. рублей, 2014 год – 6 млрд. рублей, 2015 год – 7 млрд. рублей). При этом ее действие будет также распространено на государственные научные учреждения.
Право создавать малые инновационные предприятия будет распространено также и на автономные учреждения, соответствующий проект федерального закона внесен Правительством Российской Федерации в Государственную Думу.
Реализуемый комплекс мероприятий направлен на создание инновационной инфраструктуры системы высшего профессионального образования, обеспечивающую взаимодействие образовательных учреждений и бизнеса в реализации инновационных проектов.
Поддержка вузовской науки будет идти по трем группам ведущих университетов, на развитие которых выделяются средства федерального бюджета:
университеты с особым правовым статусом - Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Санкт-Петербургский государственный университет;
федеральные университеты - Сибирский, Южный, Балтийский им. Иммануила Канта, Дальневосточный, Северный (Арктический) им. М.В. Ломоносова, Северо-Восточный им. М.К. Аммосова, Казанский (Приволжский), Уральский имени первого Президента России Б.Н. Ельцина и Северо-Кавказский;
национальные исследовательские университеты – пилотные Национальный исследовательский технологический университет "МИСиС" и Национальный исследовательский ядерный университет "МИФИ", а также вузы, отобранные на конкурсной основе.
Разрабатываемый комплекс мероприятий должен обеспечить вхождение к 2018 году не менее 5 российских вузов в первую сотню мировых университетов по общепризнанным мировым рейтингам.