Основные меры по развитию прикладной науки будут реализованы в рамках государственных программ через федеральные целевые программы, предусматривающие проведение НИОКР в приоритетных секторах экономики. Бюджетные ассигнования на реализацию наукоемких федеральных целевых программ, обеспечивающих реализацию государственных приоритетов в научно-технической сфере и высокотехнологичных отраслях экономики, составят 304 млрд. рублей, или около 2,4% бюджетных расходов в 2012 году.
Финансирование в рамках проекта государственной программы «Развитие науки и технологий» междисциплинарных научно-технологических федеральных целевых программ ("Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007 - 2013 годы", "Научные и научно-педагогические кадры инновационной России" на 2009 - 2013 годы) составляет 45,54 и 40,85 млрд. рублей в 2012 и 2013 гг. соответственно. В 2012 году оно увеличилось за счет перераспределения бюджетных ассигнований с 2009 - 2010 гг. на 2011 - 2012 гг. Финансирование ФЦП "Национальная технологическая база" на 2007 - 2011 годы будет составлять в 2012-2015 гг. 17,46 млрд. рублей (по годам: 3,6; 4,28; 4,76; 4,76) в связи с реализацией новых подпрограмм по развитию отечественного станкостроения, инструментальной промышленности и дизелестроению.
С 2012 осуществляется перегруппировка затрат и уточнение задач федеральных целевых программ научно-технологического профиля. Так, в рамках междисциплинарной федеральной целевой программы "Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007 - 2013 годы" обеспечивается финансирование НИОКР поискового характера и работ по заказу бизнеса по приоритетным направлениям развития науки и техники. Тематика НИОКР определялась государством и высокотехнологичным бизнесом совместно с научным сектором и сферой высшего образования на основе анализа приоритетов развития технологических платформ по наиболее перспективным направлениям развития науки и технологий.
Наукоемкие программы, нацеленные на развитие технологий в отдельных приоритетных секторах (авиастроение, судостроение, космический и ядерный комплексы, информационно-телекоммуникационные системы, фармацевтика), в целом сохраняют достигнутый ранее уровень бюджетного финансирования, на них в 2012-2014 гг. приходится около 20% расходов бюджета на федеральные целевые программы, с наблюдающейся негативной динамикой в 2015 г. (доля данных ФЦП сокращается до 18,3%) в основном из-за резкого роста расходов в рамках закрытых программ бюджета.
С учетом опыта формирования национального исследовательского центра "Курчатовский институт" на базе наиболее эффективных научных организаций в приоритетных технологических направлениях (новые материалы, авиастроение) будут создаваться и другие национальные исследовательские центры. Развитие корпоративных центров исследований и разработок будет стимулироваться мерами налогового характера, в том числе:
совершенствование механизма администрирования налоговыми органами расходов на НИОКР, учитываемых при исчислении налога на прибыль организаций с коэффициентом 1,5;
развитие налогового законодательства в части совершенствования деятельности фондов поддержки научной, научно-технической и инновационной деятельности, которые могут создаваться компаниями для обеспечения долгосрочного финансирования проведения НИОКР, разработки технологий и современного оборудования;
введение дополнительных льгот в целях развития инжиниринга.