В битве за Москву. Оборона Москвы также не обошлась без участия заградительных отрядов.
Как и прежде, большинство задержанных ими красноармейцев вновь направлялось на фронт.
Например, 93-я стрелковая дивизия в конце октября 1941 года получила до 1000 человек пополнения за счёт бойцов, задержанных заградотрядами. О том, как именно была организована заградительная служба в это время, даёт представление докладная записка Об обстановке на фронте в районе города Тулы и о работе заградительных отрядов особого отдела НКВД 50-й армии начальника 3-го отдела Управления ОО НКВД СССР майора госбезопасности Рогова от 2 ноября 1941 года на имя зам. наркома внутренних дел СССР В.С.Абакумова По борьбе с дезертирами, трусами и паникёрами особым отделом НКВД 50-й армии организовано 26 заградительных отрядов в составе 111 человек и 8 патрульных групп в составе 24 человек.
Работает группа оперативного состава в г. Туле на сборном пункте формирования. По Вашему приказанию 30 октября в районе гор. Тулы заградительная работа была усилена.
Непосредственно в районе гор. Тулы выставлено 6 заградительных отрядов. По городу организовано патрулирование оперативным составом. Дополнительно к группам, из состава роты, создано 2 патруля из оперативного состава особого отдела. Высланы заградительные отряды в г. Сталиногорск и гор. Венев. По шоссе на гор. Венев основное движение воинских частей выставлено 2 заградительных отряда и опер. чекистская группа. Для связи с особыми отделами и оказания им помощи в борьбе с дезертирами выслано в дивизии 5 оперативных работников.
С 15 по 31 октября заград. отрядами задержано 2681 человек, из них арестовано 239 человек. В числе арестованных преобладающее большинство дезертиры. В то же время задержан и изобличён ряд немецких шпионов. Как видим, параллельно с заградительными батальонами продолжали существовать заградотряды, сформированные особыми отделами. Кроме того, аналогичные подразделения создавались и территориальными органами НКВД. Так, с целью задержания красноармейцев, уходящих с Калининского фронта, 15 октября 1941 года УНКВД по Калининской области были организованы заградительные отряды в направлениях Калинин Кушалино, Кушалино Горицы, Кушалино Зайцево, Кимры Кашин. Все они были подчинены 4-му отделу УНКВД по Калининской области.
С 15 октября по 9 декабря 1941 года этими заградительными отрядами было задержано и передано 256-й стрелковой дивизии и другим воинским частям 6164 красноармейца и 1498 человек из состава строительных батальонов.
Кроме того, задержано и привлечено к ответственности по ст. 193 УК РСФСР 172 дезертира. В октябре 1941 года Северо-Западный фронт вместе с войсками Калининского и Западного фронтов сорвал план вражеского командования обойти Москву с севера. При этом согласно спецсообщению начальника особого отдела НКВД Северо-Западного фронта комиссара госбезопасности 3-го ранга В.М.Бочкова от 23 октября 1941 года на имя начальника Управления особых отделов НКВД СССР комиссара госбезопасности 3-го ранга В.С.Абакумова, во время боёв под деревней Лобаново ряд военнослужащих бежал с поля боя. В течение 21 октября заградотрядом было задержано 27 человек.
На другом участке под деревней Лобаново заградотряд задержал 100 человек, в том числе 5 младших командиров. Злостные дезертиры были арестованы, один расстрелян перед строем.