После смерти Ивана Грозного в марте 1584 г. на престол вступил его сын Федор, болезненный и слабоумный человек. Управление государством сконцентрировалось в руках нескольких человек, составивших так называемый регентский, или опекунский совет. В него вошли представители крупной феодальной знати (И.Ф.Мстиславский, И.П.Шуйский, Н.И.Захарьин-Юрьев) и дворянские деятели, выдвинувшиеся в конце царствования Ивана IV (Б.Я.Бельский, Б.Ф.Годунов).
Единодушие в решении государственных вопросов в этом совете продолжалось недолго. Первые признаки новой вспышки политической борьбы за власть проявились уже через несколько дней после смерти Ивана Грозного, когда Бельский в союзе с Нагими (родственниками последней жены Ивана IV) попытался захватить власть. Эта попытка закончилась опалой Бельского (он был направлен воеводой в Нижний Новгород) и ссылкой Нагих (вместе с малолетним сыном Грозного Дмитрием) в Углич.
Созванный срочно Земский собор укрепил воцарение Федора и поддержал действия регентского совета, в котором реальная власть сконцентрировалась в руках дяди царя Никиты Романовича Юрьева. Но он вскоре заболел и уже в августе 1584 г. отошел от политических дел и в 1586 г. умер. Во главе Совета становится бывший член Избранной рады (единственный из оставшихся в живых) и глава Земской думы в начале 80-х годов старейший боярин Иван Федорович Мстиславский.
Одновременно началась борьба Бориса Федоровича Годунова за первенство в Совете. Годунов был шурином царя Федора (братом его жены Ирины). Он сумел убедить доверчивого царя в подготовке против него заговора и добился отстранения Мстиславского от власти. Летом 1585 г. старик Мстиславский был удален из Москвы, а затем насильно пострижен и сослан в Кирилло-Белозерский монастырь (где и умер в 1586 году).
После этого единственным препятствием к концентрации власти в руках Годунова стал потомок ростово-суздальских князей Иван Петрович Шуйский. Серией умелых маневров (среди которых самым крупным было сведение с митрополии сторонника Шуйских митрополита Дионисия и замена его сторонником Годунова ростовским архиепископом Иовом, а также казнь представителей верхов московского посада — «гостей», выступивших в поддержку Шуйского) Годунову удалось настроить царя против Шуйского и добиться на него «государевой опалы». Осенью 1586 г. Шуйский был сослан на Белоозеро и насильно пострижен. В конце 1588 г. он погиб от руки убийцы, возможно, не без ведома Годунова.
В результате к началу 1587 г. Борис Годунов остается единственным членом Совета и занимает первое место в государстве после царя. Если учитывать неспособность Федора к управлению государством, то Годунов становится единовластным правителем страны. Вскоре он получает титул «правителя, слуги и конюшего боярина и дворового воеводы и содержателя великих государств, царств Казанского и Астраханского» и занимает такое положение в государстве, при котором его господство не могло встретить ни с чьей стороны противодействия. Англичане отныне стали называть его «лордом-протектором России».