Простейший путь избежать инфицирования – это предотвратить проникновение возбудителя в организм. Основной линией обороны служат кожные покровы, которые, будучи не поврежденными, остаются непроницаемы для большинства инфекционных агентов. Местный иммунитет обеспечивает защиту покровов тела. Он является частью программы общего иммунитета. Большинство микробов, бактерий, грибов, не способны долго существовать на поверхности кожи из-за прямого гибительного действия молочной кислоты и жирных кислот, содержащихся в поте и секрете сальных желёз, обуславливающих низкое значение рН поверхности кожи.
Слизь, выделяемая стенками внутренних органов, действует как защитный барьер, препятствующий прикреплению бактерий к эпителиальным клеткам. Микробы и другие чужеродные частицы, захваченные слизью, удаляются механическим путём – за счет движения ресничек эпителия, вымывающим действием слёз, слюны и мочи, а так же кашлем и чихаинием. Во многих секретах, выделяемых организмом, содержатся бактерицидные компоненты такие как: соляная кислота в желудочном соке, лактопероксидаза в молоке, лизоцим в слезах, слюне и носовых выделениях, спермин и цинк в сперме и тд.
Совершенно иной характер имеет механизм микробного антагонизма, связанный с нормальной бактериальной флорой человеческого организма. Эти бактерии угнетают рост многих потенциально патогенных микроорганизмов и грибов вследствие конкуренции за необходимые питательные вещества. Например, патогенная флора влагалища угнетается молочной кислотой, которая вырабатывается одним из видов бактерий-комменсалов. Эти бактерии метаболизируют гликоген, секретируемый клетками влагалищного эпителия. Если защитные комменсалы повреждены антибиотиками, то чувствительность к возможному инфицированию молочницей возрастает. Если же микробы всё-таки проникли в организм, то в действие последующей защиты вступают два фактора защиты: разрушение химическими бактерицидными ферментами и фагоцитоз (поедание и переваривание клетками).