При исследовании на условно-патогенные микроорганизмы проводят двухкратное количественное изучение мочи. Для этого мочу разводят стерильным физиологическим раствором в 100, 10000 раз и мерное количество (0,05 мл или одну каплю) указанных разведений капельным методом засевают на участки питательной среды на чашках Петри. Посев можно делать также калиброванной (с диаметром ушка в 2 мм) платиновой петлей, объем жидкости в которой равен 0,005 мл. Выбор питательной среды зависит от предполагаемого возбудителя, на которого ориентировочно указывает клиническая картина болезни, цитологическое исследование и результаты микроскопии. Посев по меньшей мере необходимо сделать на среду Эндо (энтеробактерии), кровяной агар (стрептококки и др. бактерии), ЖCA (стафилококк), агар с фурагином (псевдомонады). Методики исследования чистых культур и их идентификация зависят от выявленных культуральных, морфологических и тинкториальных свойств выросших культур. Чистые культуры выделяют из всех типов колоний, выросших в посевах высоких разведений материала. Одновременно проводят подсчет числа бактерий в 1 мл мочи, сопоставляют результаты 2 последовательных посевов, определяют чувствительность к антибиотикам и в случае необходимости - факторы патогенности и эпидемиологические маркеры.
Оценка результатов исследования сложна. Пузырная моча здоровых людей стерильна. При прохождении через дистальный отдел уретры она, как правило, обсеменяется представителями нормальной микрофлоры, большинство из которых одновременно является и главными возбудителями оппортунистических уроинфекций. Для отличия возбудителя уроинфекции от микробов-контаминантов и других этиологически незначимых видов используют количественный метод. Содержание выделенной культуры в количестве 106 и более особей в 1мл мочи безусловно указывает на этиологическую роль выделенной культуры. Величина в 105 в большинстве случаев также оценивается как этиологически значимая. Величины 104-103 могут содержаться в моче здоровых и тем более больных людей и поэтому требуют получения дополнительных критериев (повторный посев, принадлежность культуры к больничным эковарам, патогенность ее и др.) и совместной с урологом оценки.
Для установления источника инфицирования мочевой системы на присутствие идентичного микроба исследуют кровь, материал из патологических другой локализации, медицинский персонал, инструментарий, аппаратуру, которые использовались при медицинском вмешательстве.
Диагноз бессимптомной бактериурии выставляется в тех случаях, когда при отсутствии симптомов поражения мочеполовых путей из мочи повторно выделяют большое число бактерий (106 и более).
Для экспресс-диагностики и при массовых профилактических исследованиях определяют степень бактериурии (без идентификации) с помощью ускоренных методов, основанных на использовании редокс-индикаторов (трифенил-тетразолий хлорида), нитритного теста, теста каталазной активности.