Заболевание следует дифференцировать с шизофренией, постшизофренической депрессией и органическими — шизофреноподобными состояниями. Для шизофрении характерны сочетания продуктивных и негативных расстройств, последние обычно не отмечаются при шизоаффективных нарушениях. При шизофрении продолжительность измененного аффекта меньше, чем продуктивных расстройств, иначе говоря, такие аффективные состояния отмечаются лишь на высоте психоза. При постшизофренической депрессии клиника депрессии атипична, а в анамнезе отмечался типичный шизофренический психоз. Органические состояния можно дифференцировать на основании данных параклинических, неврологических и нейропсихологических исследований.