Аффективные расстройства отмечаются при многих эндокринных заболеваниях (тиротоксикозе и гипотиреозе), болезни Паркинсона, сосудистой патологии головного мозга. При органических аффективных расстройствах присутствуют симптомы когнитивного дефицита или расстройства сознания, что не характерно для эндогенных аффективных расстройств. Следует также дифференцировать их при шизофрении, однако при этом заболевании присутствуют другие характерные продуктивные или негативные симптомы, кроме того, маниакальные и депрессивные состояния обычно атипичны и ближе к маниакально-гебефренным или апатическим депрессиям. Наибольшие затруднения и споры возникают при дифференциальной диагностике с шизоаффективным расстройством, если в структуре аффективных расстройств возникают вторичные идеи переоценки или самообвинения. Однако при истинных аффективных расстройствах они исчезают, как только удается нормализовать аффект, и не определяют клинической картины.