Обе диафрагмы содержат мышцы, расположенные в два слоя — глубокий и поверхностный.

Diaphragma urogenitale состоит из мышц, которые первоначально окружали отверстие клоаки (m. sphincter cloacae). После разделения последней на задний проход и мочеполовой синус (см. «Развитие половых органов») сфинктер клоаки также разделяется на две части, из которых задняя окружает anus и становится m. sphincter ani externus (входит в состав диафрагмы таза), а передняя охватывает sinus urogenitalis и превращается в diaphragma urogenitale. Разная дифференцировка у обоих полов мочеполового синуса обусловливает различное развитие мышц мочеполовой диафрагмы у мужчин и женщин.