Городской ЦГЭ: - санитарно-гигиенический отдел
- эпидемиологический отдел
- дезинфекционный отдел
Областной ЦГЭ (Гродно): - организационно-методический отдел
- санитарно-гигиенический отдел
- эпидемиологический отдел
- дезинфекционный отдел
- радиологический отдел
- отдел особо опасных инфекций
Районный ЦГЭ: - санитарно-гигиенический отдел с лабораторией
- эпидемический отдел с бактериологической лабораторией.
В 2002 г. в структуры ЦГЭ включены отделы общественного здоровья (реорганизованные центры здоровья) и отдел профилактики СПИД (реорганизованный профильный центр).