Течение сепсиса весьма вариабельно. Оно определяется рядом факторов, причем на первом месте стоит характер взаимодействия микро- и макроорганизма. Различное сочетание патогенетических факторов приводит к развитию раннего или позднего сепсиса. Ранний развивается в период до 10-14 дней от момента инфицирования и протекает остро и нередко молниеносно. Поздний развивается через 2 недели от момента повреждения или заболевания. Обычно приобретает характер хронического. Молниеносные формы протекают бурно и часто заканчиваются смертью в течение 1-3 суток. При остром сепсисе заболевание может длиться до месяца Подострый и хронический сепсис продолжается несколько месяцев и даже лет.
Молниеносный сепсис чаще развивается при синегнойной и гнилостной инфекции. Острый чаще в случаях, если возбудителем является стафилококк. Летальность выше при грамотрицательной флоре, чем при грамположительной. Однако следует отметить, что нет четкой зависимости между характером течения и видом возбудителя. При одном и том же виде инфекции, течение может быть разнообразным. Большое значение имеет локализация и вид первичного и вторичных очагов.
Течение и исходы сепсиса зависят от своевременности и характера проводимого лечения.