АИГ дифференцируется с группой заболеваний печени с известной этиологией. В первую очередь необходимо исключить острый или хронический вирусный гепатит, для чего выполняется исследование серологических маркеров гепатотропных вирусов: HBsAg, HBeAg, анти-HBc IgM, HBV ДНК, анти-HCV, HCV РНК, нуклеиновых кислот вируса Эпштейна-Барр и цитомегаловируса.
Исследование антител к вирусу гепатита С должно осуществляться с помощью иммуноферментного анализа как минимум второго поколения, желательно с последующим подтверждением результатов рекомбинантным иммуноблоттингом. Данное требование обусловлено высокой вероятностью получения ложноположительного результата анализа на анти-HCV при применении иммуноферментной системы первого поколения, особенно у больных с выраженной гипергаммаглобулинемией.
В то же время у 11% пациентов, соответствующих критериям АИГ и не отвечающих на иммуносупрессивную терапию или дающих рецидив после отмены кортикостероидов, наблюдается положительный результат полимеразной цепной реакции на HCV RNA, что дает основание рассматривать их как больных вирусным гепатитом С с аутоиммунными проявлениями. Почти у 90% лиц с данным вариантом HCV инфекции титр SMA и ANA не превышает 1:80.
У больных в возрасте до 40 лет необходимо исследование уровня сывороточного церулоплазмина с целью исключения болезни Вильсона (Вильсона-Коновалова).
Анализы на сывороточное железо, трансферрин и ферритин, а также альфа1-антитрипсин следует выполнить для исключения идиопатического гемохроматоза и альфа1-антитрипсиновой недостаточности соответственно.
В некоторых случаях возникает необходимость проведения дифференциальной диагностики с алкогольным гепатитом, для которого не характерны столь выраженные иммунологические сдвиги.