Структурированность экосистем, как и биоценозов, можно рассматривать с точки зрения состава входящих в них компонентов, расположения этих компонентов в пространстве и совокупности взаимоотношений между ними. В каждом из этих аспектов водные экосистемы сильно отличаются от наземных. Не менее существенно отличаются они и по своим функциональным характеристикам.
Гидробиоценозы могут иметь компонентами своего биотопа воду, грунт, атмосферу (литораль, нейсталь), ледовый покров. Другая особенность косного компонента водных экосистем, в частности Мирового океана, — значительная глубина и сложная расчлененность по вертикали. Биотоп этих экосистем представляет собой набор располагающихся друг над другом водных масс, сильно различающихся по своим гидрологическим характеристикам.
Своеобразие ряда водных биотопов заключается в их подвижности. Перемещаясь, вода увлекает большинство находящихся в ней организмов. Перемещение биотопа в географических координатах часто сопровождается резкими изменениями абиотических условий существования населения. Огромное влияние на структуру водных экосистем оказывают специфические физико-химические свойства воды. К ним относятся значительная плотность, обеспечивающая возможность существования мелких гидробионтов во взвешенном состоянии, высокая теплопроводность, большая термостабильность, малая оптическая прозрачность, ограничивающая распространение фотосинтезирующих организмов в глубину. Особенно следует отметить те свойства водных биотопов, которые связаны с высокой растворимостью в воде различных химических веществ. Это, с одной стороны, влияет на осмотическое давление, а через него и на состав гидробиоценозов и водно-солевой режим его компонентов, с другой — активирует биохимическое взаимодействие компонентов внутри одной экосистемы, усиливая биогеопотоки. Присутствие в воде растворенных органических веществ, используемых большинством гидробионтов, обусловливает своеобразие трофики гидробиоценозов. Столь же широко распространено питание детритом и бактериями, часто составляющих основу рациона многих беспозвоночных. Используя для питания взвешенные в воде мелкие компоненты, организмы вырабатывают разные адаптации к фильтрационному питанию, свойственному очень многим гидробионтам.
Сточные воды, спускаемые в водоем, должны быть очищены до такой степени, чтобы они не оказывали на него вредного влияния.
Для того чтобы правильно определить необходимую степень очистки сточных вод, в каждом случае нужно иметь подробные данные об их объеме и составе, а также данные детальных обследований водоема, позволяющие характеризовать местные гидрологические и санитарные условия. Необходимая степень очистки сточных вод определяется применительно к общесанитарным и органолептическим показателям вредности и к каждому из нормативных показателей загрязнения.
Расчеты по определению необходимой степени очистки сточных вод, спускаемых в водоем, производят по содержанию взвешенных веществ, потреблению сточными водами растворенного кислорода, допустимой величине БПК в смеси речной воды и сточных вод, изменению активной реакции воды водоема, окраске, запаху, солевому составу и температуре воды, а также по предельно допустимым концентрациям токсичных примесей и других вредных веществ.
В тех случаях, когда примеси к сточной воде представляют собой токсичные вещества или вещества, потребляющие большой объем растворенного в воде водоема кислорода, возможность их сброса в водоем определяется по предельно допустимой концентрации вредных веществ или по потреблению растворенного кислорода.