Особенности организации и осуществления специальных железнодорожных перевозок определяются Правительством РФ.
Централизованное управление специальными и воинскими железнодорожными перевозками на ЖДТ осуществляется с учетом обеспечения безопасности движения, а также защиты государственной тайны в порядке, установленном Правительством. Федеральные органы исполнительной власти, к компетенции которых относятся вопросы организации и осуществления специальных и воинских железнодорожных перевозок, взаимодействуют с владельцами инфраструктур и перевозчиками через военно-транспортные органы - органы военных сообщений и органы специальных железнодорожных перевозок.
Владельцы инфраструктур и перевозчики в порядке, установленном Правительством РФ, предоставляют военно-транспортным органам необходимые услуги для обеспечения их основной деятельности.
Воинские железнодорожные перевозки осуществляются в приоритетном порядке. Для обеспечения особо срочных воинских железнодорожных перевозок перевозчики в порядке, установленном Правительством РФ, формируют и содержат резерв железнодорожного подвижного состава за счет средств федерального бюджета.
Для перевозок лиц, проходящих военную службу, службу в органах внутренних дел, учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы, сотрудников органов федеральной государственной службы безопасности выделяются вагоны или места в пассажирских поездах.
Приобретение, содержание и эксплуатация специальных вагонов для перевозок осужденных и перевозок лиц, содержащихся под стражей, осуществляются за счет средств, предусмотренных на указанные цели федеральным законом о федеральном бюджете на соответствующий год, в порядке, установленном уполномоченным Правительством РФ федеральным органом исполнительной власти.
Владельцы инфраструктур выделяют на условиях договора аренды в местах общего пользования на территориях железнодорожных станций необходимые места отстоя специальных вагонов.
Владельцы инфраструктур и перевозчики обеспечивают необходимые условия для осуществления перевозок осужденных и перевозок лиц, содержащихся под стражей.