На капитана судна возлагается управление судном, в том числе судовождение, принятие мер по обеспечению безопасности плавания судна, защите морской среды, поддержанию порядка на судне, предотвращению причинения вреда судну, находящимся на судне людям и грузу. Капитан судна обязан, если он может это сделать без серьезной опасности для своего судна и находящихся на нем людей, оказать помощь любому лицу, терпящему бедствие на море, за нарушение данной обязанности капитан судна несет уголовную ответственность в соответствии с уголовным законодательством Российской Федерации. Капитан каждого из столкнувшихся судов обязан после их столкновения, если он может это сделать без серьезной опасности для своих пассажиров, членов экипажа судна и своего судна, оказать помощь другому судну, его пассажирам и членам его экипажа. Капитаны судов обязаны, если это возможно, сообщить друг другу названия своих судов, порты их регистрации, а также порты отправления и назначения.
В случае, если лицо, находящееся на борту судна, нуждается в неотложной медицинской помощи, которая не может быть оказана во время нахождения судна в море, капитан судна обязан зайти в ближайший порт или принять меры по доставке такого лица в ближайший порт с извещением об этом судовладельца; при заходе судна в иностранный порт или доставке такого лица в иностранный порт с извещением также консульского учреждения Российской Федерации.
В случае военных действий в районе расположения порта отправления или порта назначения судна либо в районе, через который судно должно пройти, а также в иных случаях военной опасности капитан судна обязан принять все меры по недопущению уничтожения, повреждения и захвата судна, находящихся на нем людей, документов, а также грузов и другого имущества.
В случае, если, по мнению капитана судна, судну грозит неминуемая гибель, капитан судна разрешает членам экипажа оставить судно после принятия всех мер по спасанию находящихся на судне пассажиров. Капитан судна оставляет судно последним после принятия зависящих от него мер по спасанию судового журнала, машинного журнала и радиожурнала, карт данного рейса, лент навигационных приборов, документов и ценностей.
Распоряжения капитана судна в пределах его полномочий подлежат исполнению всеми находящимися на судне лицами.
Капитан судна имеет право в случае необходимости отстранить от исполнения служебных обязанностей любого члена экипажа судна, также капитан судна вправе изолировать лицо, действия которого не содержат признаков преступления, предусмотренного уголовным законодательством Российской Федерации, но создают угрозу безопасности судна или находящихся на нем людей и имущества.
Взаимоотношения капитана судна, других членов экипажа судна и консульских учреждений Российской Федерации определяются Консульским уставом
Капитан судна может передать компетентным органам иностранного государства, если это предусмотрено международным договором Российской Федерации, лицо, в отношении которого у капитана судна имеются разумные основания считать, что оно совершило преступление, направленное против безопасности морского судоходства, за исключением гражданина Российской Федерации, а также постоянно проживающего в Российской Федерации лица без гражданства. В этом случае капитан судна по возможности до входа судна в территориальное море иностранного государства обязан направить, если это практически осуществимо, в его компетентные органы уведомление о своем намерении передать им такое лицо и причинах его передачи, а также предоставить указанным органам имеющиеся доказательства.
Капитан судна вправе удостоверить завещание лица, находящегося во время плавания на судне. Завещание, удостоверенное капитаном судна, приравнивается к нотариально удостоверенному.
Капитан судна обязан сделать запись в судовом журнале о каждом случае рождения ребенка на судне и о каждом случае смерти на судне, также Капитан судна обязан уведомить одного из близких родственников умершего или супруга умершего о его смерти и принять меры по сохранению и отправке тела умершего на родину. При отсутствии такой возможности капитан судна обязан предать тело умершего земле или кремировать его и отправить урну с прахом на родину.
В исключительном случае, если судно должно находиться длительное время в открытом море и тело умершего не может быть сохранено, капитан судна имеет право предать тело умершего морю согласно морским обычаям с составлением соответствующего акта.
Капитан судна в силу своего служебного положения признается представителем судовладельца и грузовладельца в отношении сделок, необходимых в связи с нуждами судна, груза или плавания, а также исков, касающихся вверенного капитану судна имущества, если на месте нет иных
Капитан судна в случае возникновения во время рейса неотложной надобности в деньгах для продолжения плавания, в частности для ремонта судна или содержания членов экипажа судна, вправе, если нет возможности или времени для получения распоряжения судовладельца, продать часть вверенного капитану судна имущества, не являющуюся необходимой для продолжения плавания.
Судовладелец возмещает стоимость проданного груза его владельцу, за исключением случаев, если вызванные продажей груза убытки подпадают под признаки общей аварии или продажа груза проведена только в интересах груза.
В случае смерти, болезни или иной причины, препятствующих капитану судна выполнять свои служебные обязанности, обязанности капитана судна до получения распоряжения судовладельца возлагаются на старшего помощника капитана судна.