В соответствии со ст. 396 КТМ срок для подачи заявления о морском протесте составляет двадцать четыре часа.
Законом установлено различное исчисление начала течения срока о подаче заявления о морском протесте в зависимости от места случившегося происшествия.
Если происшествие случилось во время нахождения судна в море, то исчисление срока начинается с момента прихода судна в порт. Время прихода судна в порт удостоверяется справкой капитана порта.
В случае кораблекрушения, в результате которого судно затонуло, исчисление срока для подачи морского протеста начинается с момента прибытия в порт капитана вместе с экипажем или его частью, если члены экипажа пострадали во время происшествия.
Если происшествие случилось в порту, то исчисление срока на подачу заявления о морском протесте начинается с момента происшествия.
В случае длящегося характера происшествия (пожар, ураган) исчисление срока начинается во время окончания происшествия.
В определенных законом ситуациях заявление о морском протесте может быть сделано с задержкой. В случае, если происшествие произошло во время плавания, заявление о морском протесте может быть сделано в момент прибытия судна или капитана в порт, не являющийся первым портом после происшествия, с тем, чтобы избежать значительных потерь времени и расходов, связанных с заходом в первый порт после происшествия. При этом в заявлении о морском протесте должны быть указаны основания невозможности заявить морской протест в установленные сроки. Время прибытия судна в порт устанавливается нотариусом по записям в судовом журнале либо по справке капитана порта, время происшествия - по записям в журнале.
Если окажется невозможным заявить протест в установленный срок, причины этого должны быть указаны в заявлении о морском протесте (ст. 397 КТМ). В данном случае в заявлении капитана должны быть изложены причины, по которым он не мог своевременно подать морской протест. Признав указанные в заявлении капитана причины уважительными, нотариус принимает заявление о морском протесте. В случае признания нотариусом изложенных в заявлении капитана причин несвоевременной подачи морского протеста неуважительными, нотариус вправе отказать в принятии данного заявления. Такой отказ может быть обжалован в суд в соответствии с главой 37 ГПК (статьи 310-312) .