В Сибири восстания начались в 1918 году. С конца января по апрель 1918 года шли восстания в Енисейской губернии (самое крупное, под руководством казачьего атамана А.А. Сотникова), в Каменском, Славгородском и Бийском уездах.
Крестьяне не любили красных, к белым идти не хотели. Горожан они часто считали вообще врагами. Отступление белых армий вызывало нашествия крестьян на города. «Когда эта саранча спускалась с гор на города с обозами из тысяч порожних подвод, с бабами – за добычей и кровью, распаленная самогонкой и алчностью – горожане молились о приходе красных войск, предпочитая расправу, которая поразит меньшинство, общей гибели среди партизанского погрома… Ужасна была судьба городов, подобных Кузнецку, куда Красная Армия пришла слишком поздно». Так писал профессор А. Левинсон, свидетель событий.
Многие «зеленые» армии действовали вместе с красными, но ох не случайно погибают красные командиры Щетинкин (в 1927) и Кравченко (в 1923). Очень уж не свои были для РККА эти партизаны.
После ухода белых из Сибири к лету 1920 г. было восстановлено движение по Транссибирской магистрали. Большевики сохранили и способ охранять Транссибирскую магистраль, введенный чехословаками: 10-верстная зона отчуждения, круговая порука, сожжение мятежных деревень.
На Сибирь не распространилась и замена продразверстки продналогом. Большевики снова стали «реквизировать» зерно и другие продукты.
В ответ поднялась волна крестьянских восстаний. Ими часто руководили те же люди, кто ранее восставал против Колчака: против мобилизаций и реквизиций белых, против безобразий отдельных атаманов. Они повернули оружие против большевиков, возмущенные продразверсткой, мобилизацией в Красную Армию и повальными репрессиями за их невыполнение.