После вывода советских войск в 1989 году гражданская война не закончилась, а разгорелась с новой силой. На севере страны группа полевых командиров образовала Северный альянс. В апреле 1992 года повстанцы вошли в Кабул, и Демократическая Республика Афганистан прекратила своё существование. Во время борьбы за власть между Ахмадом Шахом Масудом и Гульбеддином Хекматияромстолица Кабул была обстреляна артиллерией противоборствующих сторон, и большое количество культурных и исторических памятников афганской столицы было разрушено[22]. Тем временем на юге страны набирало силу движение «Талибан». В большинстве своём талибыбыли пуштунами по национальности и объявили себя защитниками интересов пуштунского народа. Их целью было построение в Афганистане радикального исламского государства[обтекаемые выражения].
К 1996 году под их контроль попала большая часть страны, в сентябре после взятия Кабула Мухаммед Наджибулла был казнён, аСеверный альянс был вытеснен в отдалённые приграничные северные провинции. Правление талибов характеризовалось религиозной нетерпимостью по отношению к иноверцам (так, например, несмотря на протесты мирового сообщества, в том числе и мусульманских стран, талибами были взорваны памятники архитектуры — Бамианские статуи Будды, которые были объявлены ими «языческими идолами») и жестокостью — например, ворам отрубали руки, женщинам и девочкам было запрещено посещать школы и находиться на улице без сопровождения мужчины и т.д[23].
С 1992 года начинается масштабный рост производства наркотиков в Афганистане. Рекордный урожай опиатов — 4600 тонн — был собран в 1999 году, во время талибского правления[24]. В 2000 году из-за сильной засухи было собрано 3275 тонны опиумного мака[25]. В том же году талибы под давлением мирового сообщества[26] запретили выращивание опиумного мака на контролируемой ими территории, в результате чего за 2001 год в Афганистане был выращен рекордно низкий урожай опиумного мака: было произведено всего 185 тонн опиума, причём большая часть этого опиума была собрана на территории провинции Бадахшан, контролируемой Северным альянсом[27].
После терактов 11 сентября 2001 года, международный террорист Усама бен Ладен нашёл убежище в талибском Афганистане. Это послужило поводом для вторжения США в Афганистан. Однако по мнению некоторых журналистов[обтекаемые выражения], настоящей причиной послужил отказ талибов в прокладке трубопровода TAPI (Туркменистан — Афганистан — Пакистан — Индия) на условиях США, в частности, план вторжения США в Афганистан существовал ещё за полгода до событий 11 сентября[28].