Основным механизмом действия ФОВ является избирательное угнетение ими фермента ацетилхолинэстеразы или просто холинэстеразы, которая катализирует гидролиз ацетилхолина - химического передатчика (медиатора) нервного возбуждения. Образовавшаяся фосфорилированная холинэстераза в отличие от ацетилированной является соединением достаточно прочным и не подвергается самопроизвольному гидролизу. Оказалось, что процесс ингибирования холинэстеразы является двухэтапным. Вначале, на первом этапе, происходит обратимое, т.е. непрочное её блокирование и лишь на втором этапе наступает необратимое блокирование фермента. Оба эти этапа, являются результатом сложной молекулярной перестройки в комплексе "ФОВ-холинэстераза". Забегая несколько вперед, отметим значимость данного явления для практики применения некоторых антидотов, действие которых заключается в разрыве химической связи между ядом и ферментом.
Таким образом, под влиянием антихолинэстеразных веществ тормозится разрушение молекул ацетилхолина, и он продолжает оказывать непрерывное действие на холинорецепторы. Отсюда следует, что отравление ФОВ есть не что иное, как генерализованное перевозбуждение холинорецепторов, вызванное интоксикацией эндогенным ацетилхолином. Ацетилхолин начинает непрерывно возбуждать холинэргические (чувствительные к его действию) рецепторы, вызывая вначале сильное возбуждение, а затем паралич функции органов и тканей. Вот почему основные симптомы отравления ФОВ можно трактовать как проявление избыточной, нецелесообразной для организма деятельности ряда структур и органов, которая обеспечивается ацетилхолиновой медиацией (прежде всего это функция нервных клеток, поперечнополосатых и гладких мышц, различных желез).